公司自成立以來，即根據《公司法》、《證券法》、《證券公司管理辦法》等有關法規，按照股東利益最大化和保護投資者利益的原則，建立并逐步完善了以《公司章程》為核心的規章制度體系，包括三會議事規則、下屬各專門委員會的議事規則等，逐級健全了股東大會、董事會、監事會和經營班子及專業委員會構成的規范化的議事決策結構。同時，公司還建立了權力機構、決策機構、 國泰君安總裁陳耿監督機構和經營管理者之間的制衡機制，形成了完善的議事、決策、授權、執行的法人治理結構體系。

　　董事會下設有戰略決策委員會、薪酬與考核委員會，公司還成立了風險控制委員會和資產負債管理委員會。公司總部設有固定收益證券總部、證券投資總部、資產委托管理總部、企業融資總部、零售客戶總部、銷售交易總部、衍生產品部、研究所、營運中心、機構客戶服務總部、風險監管總部、法律及合規部、稽核審計總部、信息技術總部、計劃財務總部、人力資源總部、總裁辦公室等業務及管理部門。公司共有兩家控股子公司，設有5家分公司，各地區營業部113家，證券服務部59家。

　　本公司是在國泰證券與君安證券合并基礎上組建的綜合性證券公司，經證監會1999年8月15日證監機構字【1999】77號文《關于同意國泰君安證券股份有限公司開業的批復》批準，本公司于1999年8月18日在上海市工商行政管理局登記注冊成立，注冊資本金為人民幣372,718萬元。

　　2001年8月13日，中國證監會以證監機構字【2001】147號文《關于國泰君安證券股份有限公司分立的批復》批準本公司分立。本公司于2001年12月31日完成變更登記，分立后本公司注冊資本變更為370,000萬元。

　　2005年2月25日中國證券業協會頒布從事相關創新活動證券公司評審公告（第3號），2005年2月6日，經中國證券業協會從事相關創新活動證券公司評審委員第三次會議評審通過，本公司成為從事相關創新活動的試點證券公司。

　　本公司于2005年12月30日取得中國證券監督管理委員會證監機構字[2005]180號"關于同意國泰君安證券股份有限公司增資擴股的批復"，同意中央匯金投資有限責任公司以現金10億人民幣認購本公司新增10億股股份；增資后，公司注冊資本變更為470,000萬元。

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